Zero est June, de son vrai nom Akane Kurashiki. Aidée par son frère Santa (Aoi Kurashiki), elle a organisé le Nonary Game dans deux buts : le premier est d'obtenir sa vengeance des dirigeants d'une entreprise pharmaceutique, Cradle Pharmaceutical. Ace en est le PDG, et le Neuvième Homme un des principaux dirigeants.

Ces derniers, il y a neuf ans, lui ont fait participer au premier Nonary Game, dont le but était de prouver l'existence des champs morphiques, un type de télépathie.

D'autres personnages de 999, comme Santa, Snake ou Clover faisaient partie des cobayes il y a neuf ans. Les enfants de Lotus y ont aussi pris part, et Seven était à l'époque un détective chargé d'enquêter sur la disparition des neuf enfants (les cobayes, donc).

Le deuxième objectif d'Akane est de se sauver : en étant petite, elle a réussi à sortir vivante du Nonary Game grâce à l'aide d'une personne lui ayant envoyé des informations par champ morphique. Cette personne n'est nul autre que Junpei, dans le second Nonary Game. La résolution du dernier puzzle de 999 permet d'envoyer cette solution à June dans le passé. Si elle n'avait pas créé le Nonary Game ou si Junpei n'avait pas réussi à résoudre le puzzle, June n'aurait jamais existé.

Ainsi, il est proposé au joueur (ou Blick Winkel, cf suite du dossier)  de participer au Nonary Game. Non pas en tant que Junpei, mais bien en tant que personne venant d'une autre dimension, notre réalité à nous : en finissant les différentes routes du jeu, le joueur glane des informations inconnues de Junpei et June, créant ainsi des réalités alternatives. Ce n'est qu'en transmettant des informations par « champ morphique » à Junpei que le joueur peut le sauver, et lui et la June du passé.

 

L'autre grande révélation de 999 vient de la console en elle-même : dans le jeu, les dialogues du jeu sont affichés sur l'écran du haut, tandis que l'écran du bas est réservé aux réflexions de Junpei. Tout du moins, c'est ce que l'on croit pendant tout le jeu. En effet, l'écran du bas représente en fait les pensées de June, en train de résoudre le premier Nonary Game, neuf ans auparavant, et envoyant par champ morphique des informations à Junpei.

Ainsi, à la fin du jeu, les écrans sont retournés : on comprend ainsi que c'est à notre tour d'envoyer des informations à la petite June, qui nous a aidée pendant toute l'aventure. Le joueur se retrouve donc à jouer la DS à l'envers.