Bien plus nombreuses que dans 999, les révélations de Virtue's Last Reward demandent aussi d'avoir fini ce dernier pour en avoir une parfaite compréhension.

Ici, Zero n'est nul autre que le héros, aidé par June, vieillissante. En effet, le jeu ne se déroule pas en 2029, mais en 2074. Clover et Alice (présente dans la conclusion de 999) ont été cryogénisées et transportées dans un centre de recherche scientifique lunaire, où se déroule le jeu.

Tenmyouji n'est nul autre que Junpei, le héros de 999, à présent septuagénaire.

Sigma n'avait pas conscience d'être Zero car ses souvenirs ont été effacés : dans sa tête, il est en 2029 et vient d'être kidnappé. 

Pourquoi Zero a-t-il créé le Nonary Game Ambidex Edition ? Pour apprendre à faire voyager sa conscience de corps en corps, de même que celle de Phi, dont l'identité demeure encore aujourd'hui un mystère.

Zero, en plus d'être un génie de la physique quantique et du clonage, est donc un esper : il a pour but ultime de faire voyager sa conscience dans son corps du passé, afin d'empêcher une épidémie ayant tué tous les être vivants sur Terre, le Radical-6.

Ainsi, au même titre que 999, Virtue's Last Reward joue sur les paradoxes temporels, nous mettant dans des situations qui ne peuvent exister que parce que le joueur les a déjà accomplies.

La possibilité de faire voyager son esprit est d'ailleurs que Zero et Phi peuvent faire grâce au joueur. C'est lui, en passant dans les options du menu du jeu, qui choisit sa timeline et voit la quatrième dimension, le temps.

Sigma a besoin de connaître une information vitale à laquelle il n'a pas accès ? Aucun problème, le joueur met le jeu en pause, rentre dans une autre timeline, récupère l'information en question, et la transmets à Zero par télépathie. Zero ne comprendra pas d'où vient l'information, mais la connaitra, et c'est là l'important.

 

Alors que dans 999, le joueur incarnait June, transmettant des informations à Junpei, il incarne dans Virtue's Last Reward un être omniscient, dont l'esprit n'a pas d'attache corporelle dans cette dimension : Blick Winkel, ou « Angle de Vue » en Allemand, une notion chère à Uchikoshi. Le leitmotiv de Virtue's Last Reward est donc encore une fois de permettre aux personnages de développer des talents télépathiques, grâce au joueur.