Le SC-3000 a connue un nombre important de joysticks différents. Ceux-ci se branchent sur le coté gauche de l'ordinateur.
Remarquez que les prises sont similaires à celle sur Megadrive. Ainsi toutes ces manettes peuvent être utilisée sur les machines de Sega allant jusqu'à la Megadrive!
Les contrôleurs peuvent être mis sur la SC-3000 et sur la SG-1000. Cela prouve à quel point ces deux machines étaient liés.
Le premier joystick à sortir a été le SJ-200. Il s'agit de la manette standard pour la SG-1000. Il est vendue 2000 yens l'unité.
Le SJ-200 va connaitre une descendance avec le SJ-300 et le SJ-300M. Les deux versions sont vendues chacune à 3 000 yens. Les deux versions sont strictement identiques, sauf la couleur des boutons. La version SJ-300M possède des boutons bleues et non rouge. Le but non avoué du contrôleur est de rivaliser avec celui de la Famicom. Cela justifie l'arrivée de deux boutons.
Le SJ-150 est la manette standard du SG-1000 II qui sort en 1984.La manette est presque similaire à la version de la Famicom. Elle possède deux boutons et un D-pad. Elle est vendue pour 1 000 yens. Une version différente apparait quelques temps après. il s'agit du SJ-151. La différence mineur tient sur les boutons. Ceux-ci ne sont devenues rond, comme sur Famicom.
Heureusement, Sega ne commercialise pas que des joypads. Le SH-400 en est l'exemple. Il s'agit d'un volant. Cela permet de jouer aux jeux de courses de l'ordinateur comme Monaco GP. Le périphérique est vendue à 4000 yens.
Une version semblable, le BH-400 sort. Cela permet de jouer à des jeux de motos.
